Localizado à beira da plataforma continental Eurasiática e junto também das placas do Pacífico e das Filipinas, o arquipélago está sujeito a severos movimentos tectônicos. Provalvelmente, as ilhas são o resultado de uma série de movimentos orogênicos que empurram as montanhas e não um produto de uma simples erupção da crosta terrestre. A sua origem geológica data pelo menos da fase Siluriana do Paelozóico, há quatrocentos milhões de anos, e as movimentações da crosta ainda continuam.
Geologicamente, o Japão está dividido em duas zonas: nordeste e sudoeste. A primeira é formada por rocha estratificada do período neocênico da Era Cenozóica. Os sismos também são mais violentos na zona nordeste.
A zona sudoeste surgiu num período mais recente. A maior parte da rocha estratificada nesta zona formou-se durante os Períodos Paleozóico ou Mesozóico. Há menos vulcões no sudoeste do Japão e toda a atividade vulcânica tende a se concentrar na zona junto ao mar do Japão e em Kyushu. A atividade sísmica tamém é menos violenta.
Naturalmente, o solo do Japão reflete a sua estrutura geológica e a configuração da superfície. Mais de dois terços do solo são constituídos por finos solos montanhosos com areias da praia e cinzas de vulcão. Cerca de 20% são solos típicos, cerca de 15% são solos aluviais, principalmente nas terras baixas, provocado pelos depósitos do rio. É nestes 15% que os japoneses praticam uma intensa agricultura, se estabelecem e têm a sua indústria.