O período Kamakura tem o seu início quanto Minamoto no Yoritomo estabelece o seu xogunato na cidade de Kamakura, a sudoeste de Tokyo, em 1185. Até finais do século XII, Kamakura era uma aldeia piscatória com um pequeno santuário dedicado ao clã Minamoto. Yoritomo escolheu Kamakura para ser sede do seu xogunato por causa destas associações espirituais e porque a cidade era fácil de defender. Sob o Bakufu Kamakura, a cidade transformou-se num burgo maior, com guarnição, residências de guerreiros, santuários xintoístas e templos budistas.Para recompensar os seus vassalos, tratar dos despojos e das reivindicações, a fim de estabelecer a justiça e manter a ordem, Yoritomo criou uma série de gabinetes governamentais chefiados por vassalos de confiança ou por nobres de um nível social mais baixo que trouxera de Kyoto. Estabeleceu assim o modelo para futuros governos de guerreiros no Japão. Institui também dois departamentos, o de guerreiros defensores das províncias (shugo) e o de ajudantes militares do estado (jito), colocando deste modo os vassalos em posições privilegiadas nas províncias e nos estados privados (shoen) ao longo do país. O Japão viu assim a criação de uma estrutura dupla de uma autoridade política na qual um regime militar em Kamakura assumia muitas funções até agora encaradas como pertença exclusica da corte imperial. A corte não foi desalojada e continuou a exercer algumas das suas funções tradicionais. Yoritomo instituiu um comportamento xogunal, demonstrando formalmente grande respeito pela corte, ao mesmo tempo que lhe impunha a sua vontade e a controlava.
Como um governo de guerreiros, o Bakufu estava prioritariamente preocupado em manter a disciplina nas ordens guerreiras encabeçadas por Yoritomo e os seus vassalos. Com o tempo, sob a liderança de Yoritomo e dos seus filhos, que tiveram curta vida, e depois sob a liderança de regentes militares Hojo, que estiveram no poder após a extinção de xogunatos Minamoto no início do século XIII, o Bakufu assumia cada vez uma maior autoridade legislativa e judicial sobre os direitos das grandes propriedades, pagamentos de impostos e assuntos legais que afetavam toda a sociedade. Hojo criou um ramo de organismos Bakufu em Kyoto para fiscalizar o oeste do país. Intervinham na sucessão imperial, bem como em assuntos estrangeiros e coube a Hoje Tokimune organizar a defesa do país contra as invasões mongóis de 1274 e 1281. Com um reduzido poder político e econômico e confrontados com a já institucional vitalidade do Bakufu Kamakura, a corte viu a sua autoridade vacilar.
Embora esta fizesse várias tentativas para recuperar o poder político, a sua autoridade encontrava-se em permanente declínio. Em 1221, a guerra de Joku, uma malograda revolta conduziada por partidários do imperador Gotoba, que se encontrava afastado do poder, foi facilmente esmagada pelos Hojo, que lhe conferiu o estatuto dos imperadores exilados; confiscaram mais terras, onde instalaram mais ajudantes militares, puniram os cortesãos e os membros da família imperial. Em 1320, verificou-se uma reação ao controle que a família Hojo exercia sobre o Bakufu Kamakura por parte dos vassalos guerreiros, que se reuniram à volta do imperador Godaigo.
Com a ajuda de Ashikaga e de outras poderosas famílias guerreiras do Japão Oriental, bem como de grupos armados de monges-soldados, Godaigo conseguiu dominar o Bakufu em 1333 e restabelecer aquilo a que chamou o "governo imperial por via direta".
As invasões mongóis de 1274 e de 1281
Em 1268, com a destruição da Coréia e com uma grande parte da China Song conquistada, Kublai Kan (1215-1294), o chefe mongol, enviou embaixadas ao Japão, para submeter "o rei do Japão". A corte de Kyoto e o governo de guerreiros em Kamakura ignoraram estas intenções do chefe mongol e eles próprios se prepararam para uma invasão. Os vassalos dos samurais do Bakufu de Kamakura ficaram em estado de alerta. Os templos e os santuários ofereceram as suas preces em proteção da nação. Finalmente, em novembro de 1274, uma armada de 900 barcos, transportando mais de 44 mil soldados e marinheiros, incluindo mongóis, tártaros, chineses e coreanos, partiu do sul da Coréia. Depois de devastar Tsushima, aportou na baía de Hakata, a 19 de novembro. Após terem forçado os guerreiros japoneses a retirar-se, os mongóis voltaram para os seus barcos. Durante a noite foram fustigados por um terrível vendaval, que afundou os navios e dispersou a armada.
Em 1275 e 1279, Kublai procedeu a novas tentativas. Os regentes de Hojo recusaram-se a receber os seus enviados e ordenaram a construção de postos de defesa na costa, à volta da baía de Hakata, a construção de barcos de defesa para fazer frente aos barcos mongóis e a mobilização de vassalos e não vassalos. Com a queda da dinastia Song en 1279, Kublai encontrava-se livre para dedicar-se à conquista do Japão. Em 1281, iniciou a formação de uma grande armada composta por duas frotas. No princípio de junho, 4400 barcos de guerra transportando 140.000 homens lançaram-se ao mar, partindo simultaneamente da Coréia e do rio Yangzi. Enquanto a armada do sul de atrasou várias semanas, a armada que vinha do leste chegou a Hakata, a 23 de junho e travou várias batalhas com os barcos japoneses. A 16 de agosto, a armada foi destruída por um tufão, que acabou com a metade dos barcos e dizimou grande parte dos homens. Os japoneses atribuíram estes dois acontecimentos milagrosos a "ventos divinos" (kamikaze). Tal fato contribuiu para a crença de que o Japão era uma terra protegida pelo divino (shinkoku). Sem despojos como prêmio dos seus esforços, muitos samurais mostraram-se descontentes. Kublai planejou uma terceira invasão, mas não a concretizou.
