Os vestígios de riqueza arqueológica, como por exemplo o número de túmulos e suas dimensões, levaram a uma grande especulação do sistema político e social do Japão desta época. Que organização política conseguia mobilizar forças humanas em tão grande escala? Os vestígios mesclam-se e apontam para a existência de uma confederação tribal de estados, alguns muito poderosos, que mantinham contato com o continente, e eram dominados por um poder cada vez maior, centralizado numa dinastia localizada na região de Yamato. Os governantes de Yamato, que provavelmente formavam uma confederação de chefes tribais ligados entre si pelo casamento, diziam-se descendentes da deusa do Sol e estenderam o seu poder para leste e oeste.Os arqueólogos e historiadores não se encontram totalmente de acordo quanto às origens e à dinâmica do poder Yamato; contudo, é ponto pacífico que a sociedade no período dos túmulos, estava bastante estratificada, com Yamato exercendo o seu poder e influência sobre a confederação das tribos rivais, ou uji, organizadas ao longo de linhagens estratificadas. Por volta do século V ou VI, uma única geração real parece ter mantido a sua posição face a Yamato. De acordo com as relíquias arqueológicas, os chefes eram conhecidos como Daio ("rei soberano"), por vezes chamado de Okimi. O termo utilizado para designar os soberanos do Japão, tenno, só aparece a partir do século VII. Os reis de Yamato manifestavam o seu poder através de vários elementos. Os laços de sangue foram um fator importante na família imperial ao longo da história do Japão. Um outro aspecto importante foi a supremacia militar e ainda a habilidade para manipular e monopolizar o simbolismo do mito do Sol para engrandecer a sua autoridade.
Para além da corte de Yamato, a sociedade de clãs dividia-se em uji, be e escravos. Os chefes do uji eram também conhecidos como Okimi. Muito uji tinham origens e ligações com o continente e possuíam a capacidade de executar serviços especiais. Os chefes uji executavam os rituais tribais, evocavam as divindades locais (kami) e dirigiam os cultos ancestrais.
Para além destes e ao seu serviço, existiam grupos semi-servis chamados be. Produziam produtos especiais como papel, vestuário, armas ou produto agrícolas ou desempenhavam funções hereditárias como funcionários ou escribas da corte ou do uji locais. Encontravam-se bastante acima dos escravos (yatsuko), apriosionados após uma guerra o já nascidos como tal.
Contatos com o continente: Yamatai e Yamato
Ao longo destes primeiros séculos, dos períodos Yayoi e Kofun, verificaram-se ligações intermitentes, mas estreitas entre o clãs do Japão e os povos do continente, especialmente com a China e a península da Coréia. Os japoneses eram chamados pelos povos continentais de "povos bárbaros do reino de Wa".
De acordo com as crônicas de Wei (Wei Zhi), 30 reinos de Wa haviam sido unificados sob a liderança de uma rainha xamã, Himiko de Yamatai, em meados do século III. Yamatai também é mencionada nas crônicas coreanas, mas não há qualquer referência a Yamatai ou a Himiko nos Kojiki, ou nas Nihon Shoki, as duas crônicas mais antigas do Japão. As referências a Yamatai nos relatos de Wei Zhi originaram a maiot polêmica sobre a história antiga do Japão: o que foi exatamente o período Yamatai? Qual a sua relação com Yamato? A polêmica iniciou-se no século XI, quando concluiu-se que Yamatai se tinha dado na área de Yamato. Alguns argumentam que Yamatai ficava em Kyushu, outros dizem que é na região de Yamato, na ponta leste do mar inferior. Se Yamatai era em Kyushu, então constituiu um grande centro político na época das crônicas de Wei. Por outro lado, se ficava em Yamato, então aquilo que conhecemos por dinastia Yamato foi estabelecida no século III.
Os historiadores japoneses crêem que a dinastia Yamato (Wa) estabeleceu relações diplomáticas com Paekche (um reino coreano) no ano de 366 e fundou uma base no sul, colônia de Mimana, que governou até ter sido expulso por Silla (outro reino coreano) no ano de 562. Incapaz de manter a sua influência através de meios militares, os governantes japoneses voltaram-se para os contatos culturais e diplomáticos com a China.
De acordo com um relato chinês, o Song Shu, entre 413 e 478 cinco chefes ou reis de Wa enviaram nove embaixadas à China. Este contatos naturalmente enriqueceram o nível cultura de Yamato. Foi durante esta época, por exemplo, que os japoneses se iniciaram na escrita chinesa.
No século VII ainda se contruíam túmulos, mas a partir dessa data a sociedade japonesa começou a transformar-se com os novos elementos culturais vindos do continente. Em meados do século VI, o budismo entrou no Japão através das comunidades emigrantes de chineses e coreanos. Gradualmente os grandes túmulos foram substituídos pelos templos budistas. Mas o budismo foi só o primeiro impulso dentro de um grande surto de reformas, reorganizando o país entre os anos de 600 e 800 d.C.
